En 1989, la Direction des ports pour petits bateaux (DPPPB)  du Ministère des Pêches et Océans (MPO) a mis en œuvre un élément important de sa stratégie en établissant le Programme des administrations portuaires (AP).  Par ce programme, la gestion des installations portuaires pour petits bateaux tombait dorénavant sous la responsabilité de partenariats entre les secteurs publics et privés. Les installations portuaires du MPO, sous ententes contractuelles, sont dorénavant louées à des autorités locales qui en assurent la gestion, encourageant ainsi le sentiment d’appartenance au port ainsi qu’une plus grande implication de la communauté.  Auparavant, les décisions concernant les installations portuaires relevaient des fonctionnaires de Pêches et Océans, et  la communauté avait très peu à dire dans la gestion des ports.  Suite à ces décisions, des administrations portuaires se sont créées dont celle de Shippagan.

À l’automne 1993, des réunions ont eut lieu à Shippagan avec le représentant du Ministère des Pêches et Océans afin de discuter de la possibilité d’établir une administration portuaire au quai de Shippagan.  Les pêcheurs locaux, les acheteurs de poisson et les membres de la communauté intéressés ont décidé d’établir l’Administration Portuaire de Shippagan afin d’administrer et de gérer les opérations quotidiennes du port de Shippagan.  Un bureau de direction fut créé et l’Administration Portuaire de Shippagan a débuté ses opérations avant le début de la saison de pêche 1994.

Photos historiques (sources inconnues):
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